2040년 서울, 아멜리아 사토는 갑자기 사라진 아버지 사토 켄조의 행적을 쫓기 시작한다. 그녀는 아버지가 남긴 단서를 따라 거대 기업 미라이 테크놀로지와 그들이 개발한 위험한 AI '넥서스'의 존재를 알게 된다. 아버지의 실종 뒤에는 국제적인 음모와 배신이 숨겨져 있음을 깨닫고, '블랙 섀도우'라는 전설적인 존재의 도움을 받아 넥서스의 위험한 진실을 파헤친다. 마침내 아버지의 마지막 유산인 '아이리스 프로젝트'의 실체를 알게 된 아멜리아는 넥서스를 장악하려는 거대한 세력에 맞서 싸우며 인류의 미래를 건 마지막 선택을 하게 된다. 모든 사건이 마무리된 후, 아멜리아는 아버지의 뜻을 이어 새로운 미래를 향해 나아간다.