백령도의 폐허, 죽음의 정적 속에서 거대한 재앙, 검은 태풍이 움직인다. 블랙홀처럼 빛을 삼키는 코어와 날카로운 촉수로 이루어진 이 초대형 뮤턴트는 지나가는 모든 것을 파괴하며 공포의 상징으로 군림한다. 그러나 그의 내부에는 알 수 없는 과거의 잔재가 스며들어 있다. 낡은 인형, 희미한 기억, 그리고 인간의 손을 잡던 순간—검은 태풍은 단순한 괴생명체가 아닌, 잃어버린 인간성을 품은 존재일지도 모른다. 한편, 동서울에서는 인간으로 위장해 살아가다 갑자기 포식자로 돌변하는 뮤턴트 알파가 300명 이상을 학살하며 인류를 위협한다. 초능력 부대 1팀의 리더 윤서하는 알파를 추적하며 끊임없는 실패와 자책에 시달린다. 그녀의 상관 이장태 중령은 팀의 피로를 우려해 백령도의 검은 태풍 조사 임무를 맡기며 잠시 휴식을 권하게 되고 통제구역인 백령도로 향하게 되는데...