해단이 인턴으로 일하는 프마다 호텔 남자화장실에서 미노 그룹 반도체 개발 부장이 죽은 체 발견된다. 타살의 흔적은 없지만, 목에 문신처럼 새겨진 '박달나무 단'의 한자 문신. 그리고 역사의 죄인인 김 부장의 부친을 재판정에 세우라는 변조된 목소리의 전화를 받게 된 형사 달문은 목격자를 찾던 중 해단을 만나게 된다. 해단의 이름에 강렬한 호기심을 느낀 달문은 결혼을 며칠 앞두고 갑자기 사라진 친구를 걱정하는 해단에게 명함을 내민다. 김 부장의 죽음과 친구의 실종으로 인해 단야라는 여인이 다시 살아온 듯한 해단의 존재가 미노 그룹과 청방 그룹에게 드러나게 된다. 미노 그룹을 실질적으로 지배하는 사무라이 아카시 회의 교주와 아시아 재단을 주무르는 청방파의 단주 흑서는 일제 강점기부터 조선에게 악을 끼치는 비밀 단체였는데 단야는 그들이 서로 차지하려 했던 조선의 여인이었다. 미노와 청방 모두 그런 해단을 차지해서 자신들이 원하는 제물로 삼으려 하고, 해단을 추격하지만 그때마다 태권도 동아리 친구인 동주와 얽히게 되고 악인들이 모두 '단' 문신이 찍히며 죽게 되는 걸 보게 된다. 쫓기면서도 사건을 파헤치던 해단은 동주가 운영하는 해동 태권도에 머물게 되고 이곳에서 두 조직의 거대한 악의 세력에 맞서고 있는 단비밀결사대의 실체를 알게 된다. 해단도 그들과 같은 운명이며 자신의 이름에 비밀이 있다는 걸 깨닫게 된 해단에게 이름의 비밀을 풀어줄 형사 달문과 비밀결사대가 마침내 본래의 모습을 드러낸다. 역사의 죄인과 악인을 심판하고 처단하며 역사를 바로잡으려는 단의 후예들, 그 비밀결사대의 활약이 펼쳐진다.