소피아는 김시우의 영혼에센스를 이용해 '시간의 매듭(Desmos Chronou)' 마법을 시전해서 둘은 이세계 아에테르누스에 도착한다. 지구의 시간은 마법의 여파로 거의 정지된 채, 그의 앞에는 모든 해답을 찾기 위한 길고 험난한 순례의 여정이 기다리고 있다. 한편, 지구에 남은 퀀텀 그룹의 핵심 팀(이지현, 강여름, 한소영 등)은 김시우의 부재 속에서 그가 남긴 지휘권을 바탕으로 '그림자 전쟁'의 후폭풍을 수습하며, 각자의 '영혼 결함'을 정면으로 마주하고 진정한 리더로 성장해 나간다.