사고로 인해 기억상실에 걸린 주인공은 지인의 도움으로 간신히 일상으로 복귀했으나, 퇴원 이틀 만에 세상은 감기 변이 바이러스의 급격한 확산으로 무너졌다. 치사율 100%에 가까운 재앙 속에서 정부와 의료체계는 붕괴했고, 도시는 격리와 혼란 끝에 폐허로 변했다. 주인공과 지인은 서울 외곽으로 도피해 3년간 은신하며 생존했지만, 수도관이 막혀 식수마저 끊기자 결국 새로운 정착지를 찾아 도시로 발을 들인다. 그곳에서 우연히 상가 지하에 남겨진 자료를 발견한 두 사람은 바이러스의 기원과 백신에 관한 단서를 얻게 되고, 이를 끝내기 위한 여정을 결심한다. 하지만 그 과정에서 만난 생존자 연합은 정체불명의 습격으로 단 하룻밤 만에 몰살당한다. 살아남은 두 사람은 블랙박스 기록을 통해 범인이 과거의 동창였던 대적자임을 알게 되지만, 왜 자신들만 살려뒀는지 알 수 없어 혼란에 빠진다. 대적자는 문명의 부활을 거부하며 오히려 인류를 원시적 평등 상태로 되돌리려는 왜곡된 신념을 품고 있었고, 그 신념은 살인을 서슴지 않는 폭력으로 드러났다. 결국 주인공은 백신을 확보하지만, 그것을 파괴하려는 대적자와 맞서야 한다. 문명의 미래를 지키려는 주인공과, 문명을 거부하는 대적자의 최후의 대립은 단순한 생존을 넘어 인간성의 마지막 선택을 향해 치닫는다.