21세기 대한민국, 마법사와 비마법사가 공존하지만 사회는 마법을 위험하고 쓸모없는 힘이라 단정한다. 국립 마법고등학교는 겉보기에는 마법사 청소년을 위한 특수학교지만, 실제로는 ‘마법사 격리 시설’에 불과하다. 교과 과정은 철저히 입시 위주로 편성되어 있으며, 마법은 금지당하고 국영수와 생기부 관리만이 강조된다. 대부분의 학생들은 실망과 불만을 품지만, 주인공 유진도는 오히려 이런 체계를 반긴다. 그는 탁월한 마법 재능을 지니고 있지만, 비마법사 부모 밑에서 자라며 차별을 피하기 위해 마법을 외면하고 오직 인서울 대학 진학만을 목표로 삼는다. 그러나 동기 남제이, 이태휘, 정이안과 엮이며 상황이 달라진다. 제이는 금지된 마법을 쓰고 싶어 하는 리더형이고, 태휘는 장난스럽게 모험을 즐기며, 이안은 자기 이익만을 추구하는 겉은 예쁘게 포장된 시한폭탄 같은 존재이다. 셋은 학교 규칙에 반항하며 몰래 마법을 시도하다가 학교 안에 봉인된 ‘마법적 재앙’의 흔적을 건드린다. 진도는 처음엔 사건에서 발을 빼려 하지만, 점점 사건이 커지고 학교와 사회가 은폐하려는 진실이 드러나면서 원치 않게 사건의 중심에 휘말린다. 결국 그는 억눌러왔던 재능과 마주해야 하고, 입시와 대학이라는 안정된 삶과 마법사로서의 정체성 사이에서 결정을 내려야 한다.