주인공 아카이브 77은 사람들이 지운 가장 고통스러운 기억들을 모아 '미래의 경고 데이터'로 만드는 '기억 삭제 보관소' 직원이다. 그의 일은 개인의 비극을 건조한 수치로 분류하여, 사회의 안전과 통제에 재활용하는 것인데, 주인공은 분류 작업 중 자신의 것으로 의심되는 낯선 파편을 발견한 뒤부터 시스템에 의문을 품기 시작한다. 이때, 자신의 가장 행복했던 사랑의 기억을 고통이라며 삭제를 요청하는 고객을 만나고, 주인공은 그 아름다운 파편을 경고 데이터로 만들지 못하고 몰래 숨기면서 사건이 발생한다. 주인공의 행위가 시스템에 발각되어 징계를 받게 되고, 이 과정에서 그는 '경고 데이터' 뒤에 숨겨진 무서운 진실을 발견하게 된다. 또한 아카이브77은 자신도 시스템의 실험 대상이었음을 알게 되는데...