1979년, 시카고 교외의 한 조용한 마을. 하수도 아래서 기묘한 실험이 진행되고 있었다. 버려진 동물 실험체와 불법 화학 약품이 뒤섞인 그곳에서, 한 마리의 작고 평범한 애완용 악어가 생존을 위해 진화하기 시작한다. 시간이 흐르며 그 생명체는 거대 괴수 ‘앨리게이터’ 로 변모하고, 도시의 어둠 속에서 조용히 인간을 사냥하기 시작한다. 시체가 하나둘 발견되고, 사람들은 처음엔 단순한 사고라 여겼다. 하지만 경찰서 형사 데이비드 매닝은 사건의 패턴 속에서 무언가 비정상적인 존재를 감지한다. 과학자 마거릿 헤이스와 함께 진실을 추적하던 그들은, 이 괴물이 단순한 돌연변이가 아닌 정부의 비밀 실험 결과임을 알게 된다. 그리고 그것이 지금, 도시 전체를 위협하는 단계로 진화하고 있음을 깨닫는다. 폭우가 내리는 밤, 하수도에서 시작된 공포가 지상으로 올라온다. 도시의 빛이 꺼지고, 비명과 총성, 그리고 거대한 포효가 울려 퍼진다. 1979년, 그 누구도 예상하지 못한 괴수의 시대가 열린다.