「大正兇変」と呼ばれる大災害を境に生じた歪んだ世界。怪現象や悪事が横行する新帝都・桜京(おうきょう)を護るため「神憑(かみつき)特殊桜小隊」が立ち上がる。勲功華族である音家の跡取り音海斗准佐の元、紅音鳴子、学徒兵である鏡音鈴・錬、そして初音子爵家の血を引く初音未來らが帝都の治安を守る。