目覚めると、そこは一万年後の世界だった。 創造神アルセリアに仕えていた小さなゴーレム「フラグメント」は、女神が遺した「世界の端で待つ」という謎の言葉を胸に、永い眠りから覚醒する。 しかし、彼を待っていたのは、かつての空を飛ぶ力すら失った「無力な体」と、女神のいなくなった変わり果てた世界だった。 墜落した先の『古代の深緑の森』で、彼は一人のエルフの少女、フィリアと出会う。 彼女は、エルフ族に課せられた絶対の宿命――「森の外へ出られない」という『呪縛』に苦しみながらも、外の世界への憧れを捨てきれずにいた。 「私を、森の外へ連れて行って。その代わり、あなたを『世界の端』まで案内してあげる」 『合理的思考』しか持たないゴーレムと、『知的好奇心』に溢れるエルフの少女。 利害の一致から始まった二人の契約は、やがて森を支配する長老たちの「闇」と、創造神が世界に仕掛けた残酷な「真実」を暴き出していく。 森を蝕む『停滞』の掟。 フラグメントに仕込まれた、禁断のプログラム『印』。 そして、二人の絆を引き裂く、最悪の「略奪者」の影――。 少女は拷問の末に、その「肉体（オリジナル）」を敵に奪われた。 残されたのは、ボロボロのゴーレムと、敵が遺した「紛い物の器（クローン）」。 「（分析）フィリア。私たちの旅は、ここからが本番です」 「（ええ。……私を、世界の端まで連れて行って）」 これは、無力な石と魂だけの少女が、神の決めた「悲劇（シナリオ）」に抗い、奪われた「本物」を取り戻すための、喪失と再生の物語。