嵯峨京消滅事件を解決するために組織された内裏機関の一員である五十嵐漣はある日、機関長の壬生薫から改まって呼び出され、三頭連合の支配する地に向かってほしいことを伝えられた。 朝廷の直轄地とは違い、妖怪と神が入り乱れるその地で、漣は護衛の結城由良と共に、少しでも情報を集めるために東奔西走することになる。そこで二人は幾度も神々と接触することになるが… ──日畿の地を揺るがす異変の末に、彼女が目にしたものとは。