この世には、『陰陽』『魔術』が存在する。 蛇園 樹は現代で高校に通う青年だが、ふとしたことをきっかけに自分が陰陽師の家系だということを知り、『陰陽師』としての力を手に入れる。 安倍晴明の子孫だった樹は、安倍晴明の力の継承者としてかの『蘆屋道満』という永遠の宿敵を目標とし、様々な困難に立ち向かう。 陰陽師である『蛇園樹』と『蘆屋道満』 安倍晴明の家系でありながらも陰陽を使えず そのまま捨て去り魔術を手にし魔術師となった『黄道十二家』 魔術や陰陽のように歴史はないが、突然変異やその他が原因として生まれる『異端者』 世界の命運を決める戦いが今始まる。 これは水面下で世界をも巻き込む伝説の始まり。