時代は平成から令和へと移り変わる時。 　日本には未だに妖怪や幽霊の仕業によって命を落とす者も存在していた。そんな害悪を長年祓い続けている一族がいた。それが天皇であった。天皇は三貴子と呼ばれ、日本の安寧のために戦い続けている。またそんな天皇を支え続けているのが、怪異師と呼ばれる特殊な人材であった。 　上洛大学に通う一回生の藤原昭仁は、東京から京都に上洛し、入学式の当日に妖に襲われる。そんな彼を助けたのが、現代最強怪異師の安部春晶であった。 　昭仁には特別な力があり、これを機に怪異師への道を歩むことになる。 　春昌の悲願である三種の神器に眠る日本三大悪妖怪を祓うために奮闘する物語。 　平安時代初期から約1100年。 　再び怪異師と妖の戦いが始まる。