国際諜報都市カレイドポリス。CIROエージェントにして「調律者」の能力に目覚めた有栖川玲は、偽預言者が起こした地下鉄駅のテロ現場で、宿敵・黒龍、「巨大な影」の刺客フェイ＆ミカゲらとの四つ巴の死闘に巻き込まれる。玲は、フェイとミカゲの完璧な連携を、自らの精神（クオリア）に「雑音」を流し込む荒業で突破し、制御室へ脱出。しかし、そこには黒龍が待ち受けていた。黒龍の圧倒的な「意拳」の前に追い詰められる玲だが、二人の激突で駅全体が崩落。玲は、負傷した身で、辛くも別の出口から地下迷宮へと逃げ延びる。 玲がたどり着いたのは、仮想空間のデータが現実を侵食した「虚構宮（グリッチ・ラビリンス）」。そこで彼女は、知性を失った生体兵器「バーサーカー」の群れに襲われる。満身創痍の中、玲は「調律」の力で敵の「音（殺意）」を読み切り、歪んだ物理法則を利用して辛くも撃退する。だが、休む間もなく、完璧な剣士「ステュクス」が降臨する。ステュクスの「完璧な調和」の剣技の前には、玲の「調律」は通じない。玲は、自らの憎悪や悲しみといった「不協和音（ノイズ）」の全てを解放し、ステュクスの精神に叩きつけるという「賭け」によって、辛くも彼を退けるが、深手を負い意識を失う。 玲が目覚めたのは、武装集団「シルバーウルフ」のアジトだった。拘束を解き脱出を図る玲だが、アジトを制圧した黒龍と、その部隊「夜行衆」に包囲される。互いに満身創痍の中、執念だけでぶつかり合う玲と黒龍。その死闘の最中、最強の敵、「影」の切り札「エコー」が降臨する。 エコーは、玲の「不協和音」を増幅して跳ね返す「共鳴破壊（エコー・ハッキング）」で玲を無力化し、黒龍の「気」さえもハッキングして退ける。絶体絶命の瞬間、レジスタンスのリーダー「カラス」が「対クオリア・ジャマー」を用いて介入。三つ巴の牽制の末、玲はカラスに確保されてしまう。 カラスのアジトで、玲は、彼が渉の「理想」を歪めた「支配欲」の持ち主であることを知る。「楽器」になれという要求を拒絶した玲は、「ジャマー」によってクオリアを拘束される。だが、そのアジトを突き止めた黒龍が乱入。黒龍とカラスの部隊が激突する中、玲はジャマーの隙を突き、自らの「不協和音」を解放。凄まじいハウリングを発生させ、その混乱に乗じて脱出する。 旧市街での三つ巴の追跡劇の末、玲は黒龍とカラスに追い詰められるが、情報屋「カイン」の隠し扉によって九死に一生を得る。カインは玲に「那智の村」への地図と、父が遺した『月の芋』を託す。だが、玲が回復した直後、エコーが物理法則を無視してセーフハウスに「侵入」。カインが「アナログ・ノイズ」でエコーの弱点を突き、玲を地下迷宮へと逃がす。 地下迷宮で、玲は回復した力で「データ・ファントム」を撃破するも、エコーに追いつかれる。さらに、黒龍とカラスも出現し、最悪の四つ巴となる。玲は、三者が潰し合う一瞬の隙を突き、「那智の村」へと続く最後の通路へ逃げ込む。 ついに聖域「那智の村」へたどり着いた玲は、住職・空摩から、自らの「力」が「不協和音」のままではエコーに勝てないことを宣告される。玲は、門外に三勢力が迫る中、滝壺での修行に臨む。そこで渉や敵たちの「幻聴（ノイズ）」と向き合い、自らの「弱さ」と「憎悪」を「受け入れる」ことで、真の「静寂（ゼロ）」（静の調律）に目覚める。 さらに玲は、『大いなる音（マントラ）』と「静寂」を「共鳴」させ、武器に「調和」の力を宿す『演奏者』（動の調律）として覚醒する。 その瞬間、カラスが結界を物理的に破壊し、黒龍の「夜行衆」が突入。玲は、覚醒した力で夜行衆の「戦意」を「調律」し、無力化していく。 だが、玲と黒龍、尊の激突の最中、カラスが「ジャマー」で聖域全体を制圧する。絶体絶命の中、天井からエコーが「転移」。エコーは、玲の「きれいな『おと』」を守るため、カラスのジャマーを「共鳴破壊」で跳ね返し、カラス本人をその「歪んだ支配欲」の増幅によって葬り去った。 自らの行動に「バグ」を起こしたエコーは撤退。黒龍もまた、玲の「可能性」に賭け、撤退を選ぶ。 地獄の連戦（バトル・ラッシュ）は終わり、玲は「本当の戦争」に備え、那智の村で修行を続けることを誓うのだった。