世界大戦が終結し5年。 　二大戦勝国とも言える『合衆国』と『連邦』は各々の陣営を構築し、対立を深めていた。 　『合衆国』陣営に属する東洋の国『日ノ本』に暮らす普通の高校生、京極千隼はある日、『連邦』によって高校を襲撃され、瀕死の重傷を負うこととなる。 　緊急手術の末、千隼は各国政府が極秘で開発を進める『兵器』×『人間』のヒューマノイド、『アーミノイド』となることで一命を取り留める。 　アーミノイドとなった千隼は、この混沌とした世界を日ノ本のため、戦い抜くこととなる。