魔力が一切使えないにも関わらず、卓越した身体能力とスキル操作だけで騎士学校上位に食い込む少年・ハルヒ。 幼馴染セリナの魔力暴走事故で魔力を失った過去を持つ彼は、努力と鍛錬だけで騎士を目指していた。 そんなある日、市場で動かない古い懐中時計── 『千年時計』を手にした瞬間、運命が狂い始める。 昇格試験の最中、時間が停止。 止まった世界の中でハルヒだけが動け、時計から「時は終わっていない」と声が響く。 次の瞬間、光に呑まれ、ハルヒは千年前の大戦の時代に転移していた。