AIがインフラを支配する世界。「調律者」有栖川玲は、父の協力者・渉（カイン）が遺した次の「遺産（レガシー）」が、非合法オークションハウス「ギャラリー・ヴァルハラ」にあることを突き止める。「遺産」は、まもなく開催される裏オークション「タルタロス」の目玉商品として、AI「アルゴス」が管理する金庫室に保管されていた。 玲は「ヴァルハラ」に潜入するが、そこは二つの「殺意」が待ち受ける「坩堝」だった。一つは、CIROから玲を「処分」するために派遣された元同僚「イェーガー」。彼は玲の「調律」を無効化する「アンチ・チューナー」で玲を追い詰める。もう一つは、妹・晶（ジン）を救う「鍵」として「遺産」を狙う武術家「黒龍」。 三つ巴の死闘の中、玲はオーナー「サイファー」の謎めいた「導き」を受け、AI「アルゴス」の「監視のノイズ」を「調律」し、金庫室へ到達する。イェーガーと黒龍の激戦の隙を突き、玲は「遺産（魂石）」の入手に成功。サイファーは、玲という「新たなノイズ」の誕生を「観測」していた。 「遺産」が示したのは、日本の都市管理AI「アマテラス」が支配する東京・霞が関の地下要塞。玲は、組織を裏切ったオペレーター桜井と合流し、米戦略級AI「ATLAS」の「死体（コンテナ）」と共に、「幽霊の道（ゴースト・ルート）」から「静寂の檻」へと潜入する。 だが、そこはアマテラスの「論理」が支配する「罠」だった。清掃ドローンが「ノイズ」を認識し、通路は封鎖される。さらに、組織「巨大な影」の「祓魔師ミカゲ」が急襲。ミカゲの「アンチ・クォンタウム」の斬撃が玲の肩を捉え、「虚無」の「呪い」を刻み込む。黒龍もまた、玲を庇（かば）い、アマテラスの「論理」の直撃を受け、瀕死の重傷を負う。 結（Scene 15 - 30） 玲たちは、アマテラスの「廃棄サニタリウム」へと追い詰められる。ミカゲの「呪い」に意識を蝕まれ、黒龍は「死」の「静寂」に沈みかける。「分解炉（リサイクラー）」が迫る絶体絶命の中、桜井は「論理」を超えた「賭け」に出る。 玲は、黒龍の「瀕死の意志（ノイズ）」と、ATLASの「死体（神託）」、そして自らの「調律（遺産）」を「三重奏（トリプル・ノイズ）」として「共鳴」させた。ATLASの秩序の論理が再起動し、アマテラスの「静寂」の檻に亀裂を入れ、焼却炉の炎を「調律」で切り抜け、セーフハウスへと脱出する。