科学万能の時代に一つの変化が現れた。魔法使いの誕生。 しかし、広まる魔法の事故と犯罪に魔法使いを強制的に一箇所へ隔離することに国は決める。 魔法都市。その中の唯一の学園、古城学園。そこに二人の少女がいた。 天才的な魔法の才で魔法都市の中心人物となった生徒会長、『化物の女王』シリス・フィル・レイティーナ。 魔法使いとの共生の為に国から派遣された『研修生』、都市で唯一魔法が使えない少女、詩凰紅耶。 そんな学園に転入生がやってくる。 魔法使いを差別している科学者の娘にも関わらず魔法使いとなってしまった少女、蒼瀬リア。 そして、研修生と化物の女王は動き出す。 魔法都市と、今のこの世界を壊す為に。