西暦2235年。突如として地球の地表を覆い尽くした謎の生命体は、地球の栄養を吸い取りグロテスクな生物を生み出し人類たちの殺戮を開始した。残されたわずかな人々は宇宙都市メサリウスへと逃亡した。 それから100年、人々は太陽の力を用いた宇宙戦闘機、Ms-00を用いた偵察を行なっていた。そんな惰性的な戦いに身を投じることになった青年、リオンはいつも通りの任務を送り戦果を挙げていくが撃墜され瀕死の重傷を負う。しかし、リオンは復活を遂げた。失った手足が戻ることはない。あるのは憎しみだ。そう悟ったリオンは謎の力に導かれ未知の生命体と相見える。しかし、それは驚愕の真実が待ち受けていた…