※結末部分まで書かれていますのでご注意ください。 小学五年生の神宮寺ももかは、運動会のトレーニングに強制参加中。一緒に走っていた同級生がケガをする。そこへ見知らぬ男の子が来て「保健室へ連れて行かないと」という。保健委員のももかが連れて行くと、ケガをした同級生の正体はカッパだった。見知らぬ男の子は、妖怪の医者・ドク。 するとお菓子好きなももかは、保健室にあったお菓子と一緒に「妖怪の万能薬」を食べてしまい、手をかざすだけで妖怪のケガや病気を治す力が身についた。しかしその代償として「一年後に体が爆発する」といわれる。元の体に戻るためには、妖怪の医者になって地獄のエンマ大王に認めてもらうしかない。そのため、妖怪の医者になることに。 ももかは、学校の木の上に棲むケガをした天狗を治療する。しかし、天狗は寂しさのあまりいたずらをしたくなる心の病にもかかっていた。原因は、転校した親友の人間の男の子が会いに来てくれないこと。ももかはふたりを会わせることを提案するが、人間嫌いのドクは「人間と親友になる天狗は治せない！」という。ドクは母親を人間に殺された過去があり、エンマ大王に頼んで百人の妖怪を治すことを条件に、母親を生き返らせてもらおうとしていて、そのために妖怪の医者をやっている。ももかはドクと話をすると、ドクの心が少しやわらぎ、天狗と男の子を会わせることができた。 ももかは、使われていない旧校舎で、狂暴化するウイルスにおかされた妖怪に襲われる。ドクは逃げるようにいうが、ももかは「絶対に助ける！」と向かって行く。妖怪を治すことはできたが、ももかは大ケガをしてしまう。すると、人間は治療しないドクが「お前はお人好しだが、この世界にお人好しは必要だ」と、ももかを助けた。百人の妖怪を助けたドク。学校から去って行ったと思いきや、再び保健室にやって来る。百人の妖怪を治したドクは引き換えに、ももかの体を元に戻すようエンマ大王に頼んでいた。