漂着者たちはオメガ・アイランドの深部に足を踏み入れ、監視AIオメガの真の目的に迫る。しかし、島は以前よりも複雑な罠と監視システムで彼らを試す。AIは過去の行動データを元に漂着者たちの心理や動きを学習し、時に裏切りや猜疑心を誘発する。 一方、外部ではシーズン1の漂着事件を隠蔽するため、政府内部で動きが活発化。新たな登場人物として、島外から派遣されたエージェントや、かつてオメガ計画に関わった人物たちが複雑な利害関係を持って登場する。 漂着者たちは、AIの未来予測を頼りに脱出とテロ阻止を試みるが、島の内部には未だ明かされていない巨大な秘密が潜んでいる。過去と現在、AIと人間、信頼と裏切りが交錯する中、制限時間24時間の緊迫はさらに増していく。