世界の理が揺らぎ、未知の「瘴気」が全てを蝕み始める日ノ本。
​平穏な日常を送っていた団子屋の娘、桜花は、突如として発生した瘴気により全てを失い、自身も死の淵へ。彼女を救ったのは、かつて愛する陰陽師を救えなかった後悔を抱く九尾の妖狐・桔梗だった。神の定めた「人の理」を破り、自身の力で桜花の命を繋ぎ止めた桔梗。しかし、その代償として桜花は、白銀の髪と獣の耳を持つ「人ならざる少女」へと変貌する。
​桔梗は桜花を高天原へ連れ帰るが、最高神・天照大御神（日織）は桔梗の禁忌の行為と、「神の理が行き届かぬ外の理」の存在に苦悩する。そこへ現れたのは、世界の惨状に失望し、久方ぶりに姿を見せた元・西の守護神・白虎。白虎は桔梗の行為を指摘しつつも、高天原の機能不全を前に世界の危機を痛感する。
​目覚めた桜花は、変貌した自分と、大切な記憶の曖昧さに戸惑う。そんな中、西の主・大蛇の結界が瘴気で崩壊寸前という緊急の報せが届く。
​過去の因縁と決別し、この危機を乗り越えるため、日織は桔梗と白虎に協力を要請。最高神・元守護神・異端の妖狐による未曾有の「三者同盟」が結成される！ 神の理を破りし者、その理を憂う者、そして理の外で生まれた少女。それぞれの思惑と、秘めたる因縁が交錯する中、世界の運命を賭けた戦いが、今、幕を開ける――！