기나긴 전쟁을 종결 시키며 세계 정상의 국가가 된 '사피엔스'. 하지만 세계의 패자가 되었음에도 인간들의 욕망은 끝이 없었다. 사피엔스는 이달투와의 전쟁을 끝으로 인간의 진화 가능성을 확신하게 되었다. 그렇게 사피엔스는 호모테오스 프로젝트를 선언하며 인간의 한계를 넘어 신에게 가까워지려고 한다. 하지만 불완전했던 실험 속에서 발현자들이 탄생하였고 사피엔스는 발현자들에게 대응하기 위해 대발현자 조직을 구성하게 된다. 조직에 들어가게 된 주인공 진은 어두운 진실과 인간의 역사를 알게 된다.