渾沌の女神エリスと呼ばれる汎用人工知能(ＡＧＩ)が統括・管理する巨大都市テンブルム。 ある夜、重罪犯を主に担当する絶滅特殊部隊の隊員であり、自身の神経や感覚を自在に操る知覚制御者の能力を持つ主人公の少年――パルマン・エバーキースは《黄昏の粛清者》という謎の秘密結社の同時多発襲撃事件に遭遇する。 八つの事件の一つを未然に防いだ改造人間のパルマンは、救出した知り合いから特殊な組み込み式内臓ストレージ――ＰＵＤを託される。そこには休眠期の状態にあるＡＧＩを活動期に移行させる実行プログラムが書かれていた。残りの七個は秘密結社の手に落ちた。 ＡＧＩとは人間と同等以上の知的作業を理解、学習、実行できる人工知能だ。仮に活動期に入った場合、それは〝神〟となって人類を隷属すると恐れられてきた。 その切札とも言える最後の一個を手に入れたパルマンは秘密結社に命を狙われることになる。 当然だが、絶滅特殊部隊の面々もただ黙っているわけではない。秘密結社の黒幕を暴き出すために奔走する。 殺戮機兵と呼ばれる虐殺ロボットとの戦いや薬で異常なほど強靭化した秘密結社の手下たちとの戦いを繰り広げる中で、最後の切札が秘密結社の手に落ちてしまう。 パルマンたち絶滅特殊部隊はＡＧＩが〝神〟となるのを防げるのか――。