江戸時代後期。ペリー来航の数年前。深川の雑穀商の息子、孤次郎は人を斬った罪でお尋ね者になった。旅暮らしを続ける中、土地の人々の困難に出会い、それを解決する孤次郎。そんな孤次郎と出会う、星影のおりんという女。彼女は公儀隠密を抜けて逃亡の生活を送っている。おりんが孤次郎に興味を抱いたのは、孤次郎が持っている「雷電」という武器。それは、公儀隠密しか知る者のいないはずの、小型兵器だった。二人の冒険が今始まる。