母子家庭で育つ神流（かんな）は、ある日母とクルーズ船での旅行中、沈没事故に遭った。 母を喪い、自身も死を覚悟する中なぜか海中呼吸に順応し、不思議な力で海底都市に辿り着く。 光が届かないほどの海底。人間は到底辿り着けない場所。そこは何千年も昔に大災害で海底に沈んだ都市だった。 不思議な力に導かれた神流はそこで新たな種族“アーメイド”と出会う。彼らは“溟海の加護”という不思議な力を使い、海底で文化を築き、生活していた。 一見人間のようだが確実にヒトではない彼らと、天涯孤独となった少女の海底都市での新たな生活が始まる。