夜を支配する闇の中、人類と吸血鬼の均衡は崩れ去った。 NCB（夜闇抑止局）の孤高のエージェント・アレクシスは、任務中に異形の吸血鬼《孤立種》を殲滅する中で、真女ヴァンパイア・リリスと出会う。彼女は異形の力を秘めた“進化種”だったが、アレクシスに敗北し、その眼差しに見出されたことで、敵ではなく「夜を狩る同盟者」となる。 二人の絆を軸に、都市で進化種の大規模な侵攻が発生。リリスの血の力が暴走する一方、科学者セシリア・ハーヴェイの支援により、吸血進化の謎が少しずつ明かされていく。だが、リリスの存在は人と吸血鬼の双方にとって異端。聖血騎士団との衝突が激化し、やがて共闘の果てに「裏切りの聖堂事件」が起こる。リリスを庇ったアレクシスは組織からも疑われ、二人は追われる身となる。 科学と信仰が交錯する中、リリスは“真祖”に迫る覚醒を果たす。だが同時に、闇の組織による「夜明け計画」が発動。世界の再構築を目論む真祖が現れ、血と進化の最終戦争が始まる。 崩壊する聖堂、流れる紅の光―― アレクシスとリリスは“銀の刃と紅の影”として融合し、真祖を討つ。 だがその代償に、リリスの存在は曖昧となり、人と吸血鬼の境界を越えた新たな存在へと変わっていく。 最後に残るのは、二人の誓い―― 「滅びても、まだ人であれ。」 血で結ばれた絆は、夜を超え、永遠へと続いていく