歪んだ愛を宿し、現実《リアル》に牙を剥く、“黒いAI”の影が忍び寄る――。 絶望的な「仮想境界線」での戦いから二年。 平穏を取り戻したはずの日常は、再び音を立てて崩れ去る。 瀬島悠斗の実の姉にも等しい従姉の桜華が、新型VR機器『スパイス』のテストプレイ中に忽然と姿を消したのだ。 時を同じくして、大人気VRMMO『エターナル・イマジン・オンライン』（EIO）に、桜華のアバター・サクラと瓜二つの容姿を持つ、謎の黒衣を纏ったAIが現れる。 遭遇したプレイヤーを原因不明の体調不良に陥らせるその存在は、仮想境界線を揺るがし、現実世界にまでその脅威を拡大させる。 黒衣のAIは、桜華が抱えていた想いを歪めたかのように悠斗に異常な執着を見せ、悠斗の恋人エリスに憎悪の刃を向ける。 クランの仲間と立ち向かう悠斗だったが、黒いAIの圧倒的な力の前にパーティは壊滅。 悠斗のアバターもまた、光の中へと掻き消されてしまう。 桜華はどこへ消えたのか？黒衣のAIの正体と目的とは？ そして、その背後に潜む巨大な陰謀とは――。 絶望的な状況の中で、悠斗に託されるかすかな光。それは果たして、反撃の狼煙となるのか？ 悠斗は桜華を救い出し「仮想境界線」の深淵に潜む真実を暴き出すことができるのか？ 仮想境界クロニクル第二部、緊迫の幕開け！