王立魔法アカデミーの地味な司書エリアナは、聖域である「禁書庫」で起きた禁断魔法の暴発事件で、犯人の濡れ衣を着せられてしまう 。 「規則（ルール）」絶対主義のカタブツな風紀委員長ライナスからは、すべての記録（ログ）が彼女を犯人と示しているとして、厳しく追及される 。 一方で、「非合法（ハッキング）」を好む天才問題児ゼノンからは、「真犯人は別にいる」と、なぜか調査にちょっかいを出されることに 。 エリアナは潔白を証明するため、父の形見である計測器（マギ・スケイル）を手に「記録（ログ）」を分析 。やがて、その事件が学園上層部による巨大な陰謀であり、父の「事故死」の真相にも繋がっていることを突き止める 。 「法」のライナスと「私刑」のゼノン。対立する二人の青年に（なぜか）迫られながら、エリアナは自らの「記録」を最大の武器に、学園の闇に隠された真の黒幕との対決に挑む 。