「再生プロジェクト」 現実の東京に戻った高橋ヒロシは、仲間であるマイ、レンジ、アユミを救えなかった罪悪感に苛まれていた。彼らはデジタルの残存データとして囚われたままだ。ヒロシは彼らを連れ戻す道を探すため、有名なSNSでプログラミングの天才、アレアイ・カンムと接触する。彼はポータルを再び開く手助けを申し出るが、アレアイとの直接の出会いがヒロシに疑惑を抱かせる。そして必死の調査の末、ヒロシは苦い真実を悟る。アレアイ・カンムの正体は、宿敵デジタルウィルスの アレクシ・カムロだ。裏切られ、仕掛けられた罠の装置によって再びネットに引きずり込まれたヒロシは、アレクシが作り上げたパーソナルな檻と化した進化した『ネットのゲーム』にいる。彼の唯一の目的は、人質としてデータ化された仲間たちを救い出すことだ。