かつて「黙示録戦役」と呼ばれた大災厄の爪痕が残る都市「姫乃森市」は様々な宗教勢力や魔術師が暗躍する都市となった。 そんな姫乃森に引っ越してきた女子高生の古戸守仄香はある日魔術師同士の戦闘に巻き込まれてしまう。 目覚めた先で名乗るパッヘルベルという女に出会い、この街では魔力が暴走して異形に変異して災害を起こすサバトウイルスが蔓延しており、変異者を殺害すると見返りに莫大な賞金を貰えるという非合法なゲームが行われていると知る。 教会も魔術師を雇って他の魔術師を襲撃するという事件が跡を絶たず、ゲームを勝ち抜いた者から天上の楽園に上り、神になれる『天上計画』まで企てられる。 パッヘルベルが率いる『ユークリッド機関』で魔法少女として天上計画を阻止するために戦うことになる。 仄香は悪魔の少女『アルシエル』と契約を結び、ユークリッド機関の運営するアラディア魔道女子学院に通い、魔女として戦うことを決意するがその代償が大きいことを彼女はまだ知らなかった。