広島県の山間にある小さな町「時雨町」。そこには、誰も近づかない古びた時計塔があった。ある日、町に転校してきた11歳の少年・天野悠は、同級生の少女・咲良とともに、時計塔にまつわる奇妙な噂を耳にする。
「時計塔の鐘が鳴ると、誰かが消える」
「塔の中には“時間を盗む子供”がいる」
悠はその話に興味を持ち、咲良と共に調査を始める。やがて、町で起きた失踪事件と、時計塔の過去に隠された秘密が浮かび上がる。
塔に残された古い日記、消えた兄の痕跡、そして“時間”にまつわる謎。
悠は、自らの推理力と仲間との絆を武器に、時計塔の真実に迫る。
しかし、謎を解く鍵は、悠自身の過去にあった――。