昔。 地球上に突如として怪物が現れた。 人々は畏怖を込めてそれを”魔獣”と呼んだ。 一般兵器が何の効果も示さず、人類が追い詰められた時、突如として”魔法少女”が姿を現した。 彼女達は不思議な力―――魔法を使い、魔獣を撃退することができた。 そんな中、ある男―――幽玄渚は魔法少女になり、あることを成した。 それが現代―――魔法省と呼ばれる組織である。 しかし、彼がそれを成したのは完全な善意ではないのだった―――― 魔法省組織長として日々自由に。そして、ある目的のために動く渚の物語。