ダンジョンや探索者、モンスターと言った存在が浸透した現代。事故で記憶を失った過去を持つ主人公の「蒼坂理亜」は学校生活をしつつダンジョン探索者なるものをやっていた。そんなある時、いつも潜っているダンジョンで彼はA級モンスターと遭遇してしまう。もはやこれまでと諦める彼だったが、突如現れた銀髪の少女がA級モンスターを瞬殺、さらに理亜へ向けて『お久しぶりです。マスター』と手を差し伸べてきたのだ。状況を理解出来ないまま理亜はその手を取り少女と共にダンジョンから出ると、今度は自衛隊が彼らを取り囲み政府施設へ連行される。その先で理亜は、自身が星間国家の強化人間兵である事、時空間事故によりこの世界へ飛ばされてきて記憶を失っていた事、少女は理亜がこの世界で生活するのを手助けしに来た事などを伝えられ、少女と共に正体を隠し日本政府直属のS級探索者として活動していく事を要請される。理亜は自分の真の力に困惑しながらも、この要請を受ける事を決断するのだった。 しかし決断をキッカケに彼等が最凶のバディ探索者として大バズりしたり、魔法の効かないモンスターを倒してニュースになるなど、この時の理亜は、まだ知らない。