登校拒否の智己は、しばらくのあいだ祖父母の住む離島で暮らすことに。 “出会いは見えない誰かの手紙だと思っています” と書かれた謎のメッセージ・ボトルを海辺で拾う。その日から必ず朝の海辺には、新しいメッセージ・ボトルが。 島で出会った小瀬良とは、早朝に勉強を、紗夜とは、夜に天体観測を一緒にして過ごすことに。 そんなある夜、とある事件が。