魔法学者（アルカニスト）のレオ・アークライトは、神秘とされる魔法を解明するために世界を旅していた。 その狙いは、師匠の師匠にあたるアラン・アークライトの禁書だ。 しかし、その旅の途中、魔法使い（ルクス）に狙われて瀕死の少女オルと出会う。彼女の命を救うため、人工魔術回路を使い、人間（ノクス）の少女を魔法使いにしてしまう。 そうして、レオはオルを弟子として向かいいれ、旅立って行く。 その旅すがら、オルが狙われていた秘密が、明らかになっていき、大事件に発展する。