神の奇跡『神律武装（レガリア）』が、世界の秩序を支配する時代。 エリート適合者育成機関『天照学園』に、一人だけ異質な少年がいた。 神凪湊（かんなぎ みなと）。 彼の神律武装は《名称不明》、等級なしの『ランクレス』。 彼は、とある事情により「不適合者（イレギュラー）」と呼ばれ、学園の最底辺で燻っていた。 異質な力を恐れ、無気力な日々を送る湊。 だが彼の運命は、太陽のように眩しい天才少女・東雲 一華(しののめ いちか)との出会いと、学園を襲う本物の脅威によって大きく動き出す。 仲間を守るため、複数のレガリアの力を同時に『模倣』した時。 彼の世界で唯一の能力――神々が創り出した設計図『聖計図』を組み合わせ、新たな奇跡を紡ぎ出す《再構築（リビルド）》が、ついに覚醒する！ これは、最弱の落ちこぼれが、仲間との絆を力に変え、世界の「最強」の定義そのものを書き換えていく英雄譚である。