銀河連邦に深刻な事態が発生していた。 銀河連邦のﾈｯﾄﾜｰｸｺﾝﾋﾟｭｰﾀである“ｵｰﾛﾗﾕﾆｯﾄ”たちが、ｳｨﾙｽらしきものに感染していることが発覚したのだ。 4ｹ月ほど前、銀河連邦所属の宇宙戦艦ｳﾞｧﾙﾊﾗが、 ｽﾍﾟｰｽﾊﾟｲﾚｰﾂの襲撃を受けて消息不明になり、 ｳﾞｧﾙﾊﾗに搭載されていたｵｰﾛﾗﾕﾆｯﾄ313が奪われる事件が発生した。 このｵｰﾛﾗﾕﾆｯﾄからｳｨﾙｽが発信され、 次々にほかのｵｰﾛﾗﾕﾆｯﾄに感染していったのだ。 ﾈｯﾄﾜｰｸのｼｬｯﾄﾀﾞｳﾝ中にｽﾍﾟｰｽﾊﾟｲﾚｰﾂの攻撃を受けると、 銀河連邦は大打撃を受けることになる。 一刻も早くﾈｯﾄﾜｰｸを復旧するため、 連絡政府はﾊﾞｳﾝﾃｨｰﾊﾝﾀｰたちを銀河連邦の旗艦ｵﾘﾝﾊﾟｽに緊急招集する。 状況説明中、連邦は恐れていたｽﾍﾟｰｽﾊﾟｲﾚｰﾂの強襲を受ける。 標的となった連邦基地を防衛すべく、惑星ﾉﾘｵﾝに向かったｻﾑｽとﾊﾝﾀｰたちは、ﾘﾊﾞｲｱｻﾝと呼ばれる巨大な隕石のような物体が惑星に迫っていることを知る。 ﾘﾊﾞｲｱｻﾝが激突すれば、ﾉﾘｵﾝは壊滅してしまう。 危機を回避するためﾊﾟｲﾚｰﾂによって停止された連邦の防衛装置を復帰させようと戦い続けるｻﾑｽたち。 そして、その前に立ちはだかったのは、かつて惑星ｴｰﾃﾙで、 ｻﾑｽ自身が倒したはずのﾀﾞｰｸｻﾑｽと絶滅したはずの、ﾓﾝｽﾀｰたちだった･･････