初代ウルトラマンであったハヤタ・シンの息子、早田進次郎、高校2年生。
彼は、父の身体に残っていた「ウルトラマン因子」が遺伝し、生まれながらに超人的な能力を持っていた。
地球に迫っている危機を知り、科特隊に要請され、ウルトラマンスーツを着て“等身大”の姿のまま戦うことになった進次郎。
しかし、まだ17歳の普通の高校生である進次郎は、異星人といえど、命を奪うことに痛みを感じ、戦うことへの苦悩が生まれる…。
そして、自分と同じく、ウルトラマンスーツを着て現れた諸星の姿―――躊躇なく異星人を抹殺していくその様に、進次郎は圧倒される。
進次郎のゆらぐ気持ちを知ったエドは、彼の“ウルトラマン因子”を開花させるべく、ある秘策を立てるが…

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