ある時、吉原正嗣は本能寺の変が発生した直後の浜松城下にタイムスリップした。 　正嗣の魂は、徳川家康の重臣本多忠勝に仕える足軽の吉原佐平次に乗り移っていた。吉原佐平次は、正嗣の先祖だった。 　タイムスリップしたことを理解した正嗣が、現世に戻れる日がやって来ることを信じて、吉原佐平次としての生活を送る。 　そんな中、正嗣に徳川家康から直々の命令が下った。本能寺の変の背景に羽柴秀吉による策略が巡らされていたのではないかと疑った家康が、そのことを明らかにする情報を集めるための捜査チームを結成し、リーダー役に正嗣を任命したのだ。 　捜査を開始した正嗣は、吉原佐平次のことを兄と慕う松井作次と組んで尾張の国へ向かった。 　そんな中、松井が、秀吉の重臣と筒井順慶の重臣が密会していたという情報を入手した。 　筒井順慶は本能寺の変を引き起こした明智光秀が最も信頼を寄せていた大名であり、光秀が秀吉に滅ぼされる直接的な原因を作った人物でもあった。 　正嗣が、事の真偽を確かめるために、筒井順慶が治める大和の国へと向かう。 　道中で数々の妨害に遭遇するものの、無事大和の国へ潜入することに成功した。 　大和の国で、正嗣は、栄斉と名乗る怪しげな僧が度々筒井順慶のもとを訪ねていたという情報を入手した。 　秀吉と栄斉との関係を調べた正嗣は、意外な事実をつかんだ。栄斉と徳川家康の重臣石川数正との間に密接な関係があったことが判明したのだ。 　その事実に、正嗣が混乱する。秀吉が筒井順慶に対する調略を行っていたのではないかという推論が根底から覆されてしまったからだ。 　そんな中、正嗣は、筒井順慶に対する調略を行っていたのは家康であり、大和の国へ向かう正嗣を妨害したのも家康だったのではないかという推理を打ち立てた。 　そんな正嗣の頭の中で、吉原佐平次の正体に対する疑問が生まれる。 　疑念が確信へと変わり、正嗣は、秀吉に会いに行くことを決意した。 　その折、正嗣のもとに、主君の本多忠勝からの使者がやって来た。 　使者とともに本多忠勝のもとへ出向いた正嗣は、そこで吉原佐平次の正体を知ることになった。 　正嗣が抱えていた数々の疑問に対する答えを口にした本多忠勝が、その場で、正嗣扮する吉原佐平次を斬殺する。 　そのことが、未来からの時空操作の扉を開いた。