2026年、環境省職員の柚木蓮は、極秘プロジェクト「KAGURA Protocol」の担当者に選ばれる。それは過去の環境史に介入し、現代の生態系崩壊を修正するシステムだった。 最初の任務は、1900年のエゾオオカミ駆除を阻止すること。蓮は成功する――だが、現代に戻ると婚約者・美咲の存在が消えていた。写真、メール、記憶、全てが「最初からいなかった」ことになっている。 KAGURAのログには冷徹な記録があった。「消失者数：1名。理由：因果連鎖による人口動態変化」 美咲を取り戻すには、247人を犠牲にしなければならない。