2099年。 かつて「日本」と呼ばれた国は、いまやアジア圏を包摂した巨大国家――日本連邦へと変貌した。 57年前、2042年 世界同時異常災害。 世界中で“異常存在（アノマリー）”が出現し、人間社会は国家の形すら保てなくなった。 都市は崩壊し、国境は消え、いくつもの国が瓦解した。 生存を最優先とした日本政府は、国内外の難民受け入れと資源確保のため、 東南アジア諸国、香港、沿岸都市群と“安全保障共同協定”を締結。 やがて協定は吸収へと変わり、領土・行政・軍事を統合する形で―― 日本連邦が誕生した。 だが、その統合は救済であると同時に、管理の始まりでもあった。 広大な国土を維持するため、国は徹底した情報統制と都市再編を実施。 『安全な都市圏』と『無人化区域』が区分され、 人々は巨大な都市に集約されていった。 その中で来栖　澪は何を思い、何を成すのか