2058年、日本。身長210cm、体重180kg。熊族初の刑事、熊五郎は、六本木で相次ぐ連続殺人事件の捜査にあたっていた。現場に残されたのは、熊の鋭い爪痕。世論は「共存は失敗」と炎上し、熊族への憎悪は頂点に達する。 やがて、改ざんされた防犯カメラが熊五郎自身を犯人として指名。警察機構と国家中枢で推進される『熊排除計画（KUMAIZON）』の存在を知った彼は、恩人の研究者を頼るが、恩人は目の前で殺されてしまう。その手には、計画の証拠が隠されたUSBが握られていた。 逃亡者となった熊五郎を待ち受けていたのは、3年間信じ続けてきた相棒・雛森の裏切り、そして最も信頼していた公安刑事・霧坂玲奈との共闘。しかし、捜査を進める中で、熊五郎は自身の「記憶の欠落」が、全ての殺人事件の発生時刻と一致しているという、最も残酷な真実に直面する。 警察庁長官と次期総理候補が仕掛けた壮大な陰謀。熊五郎は、自身が無意識下で操られていたことを知り、自首か、それとも国家の兵器として北方領土奪還作戦に加担するかの二択を迫られる。 巨熊刑事、熊五郎が選んだ第三の道。それは、罪を償うため、愛する祖国を捨て、裏切りの果てに辿り着いた極北の地で『共存の証明』となる独立国家を建てるという、魂を賭した戦いだった。