私立・星乃海学園には、選ばれた生徒だけが入れる「地下秘密図書館」が存在する。そこには秘密のお話が書かれた本が収蔵されており、高校2年生の主人公、結城あかりは偶然その鍵を手に入れてしまう。入手した鍵から始まる恋と友情。絆が深まるにつれて、学園に隠された謎も明らかになっていく――