第三次世界大戦の終結から三年。 　 　民間軍事会社の経営する中央軍事学院へ通う篠塚夏彦は、先の大戦において戦術生体兵器として多大な軍功をあげ、英雄とまで称された古参兵だったが、敬愛する上官を失った事実を未だ乗り越えることができずにいた。 　そんなある日、夏彦は会社の護送車列が襲撃を受けている現場に遭遇する。 援護のため現場へ飛び込んだ夏彦であったが、その護送車列が守っていたものを知り驚愕する。 　それは、敬愛する上官を失う原因となった作戦を共に戦い、その後上官と共に死んだと思われていた少女。 　意思を持った核弾頭――戦略生体兵器『さくら』だった。