二千年刻みで世紀が区切られる世界。 その世界では、自然の摂理としての〈悪の組織〉により、世紀ごとにひとり魔王が生み出され、〈悪の組織〉と対を成す〈正義の波動〉により生み出される勇者と戦いを繰り広げる。 第三世紀の五十年ごろにひとりの少年が〈第三魔王〉に選ばれた。その少年は〈悪の組織〉の精神汚染に耐え抜き、第一世紀・第二世紀の魔王が遺した「魔王軍の生き残り」を殲滅し、そして、不老不死なのを良いことに第八十五世紀までを生き抜く。 十七万年ほどを一人で戦い抜いた第三魔王は人を庇いモンスターのレーザービームにより心臓を貫かれた際に肉体を再構築させるが、誤って肉体を一から作り直してしまい、肉体に残っていた戦いの蓄積や鍛え抜いた筋肉をリセットしてしまう！ どうする、第三魔王！