『七瀬 凪（ななせ なぎ）』は、親戚の巫女『月乃宮 月音（つきのみや つきね）』の実家である神社で共に暮らす高校一年生の少年。彼は小さい頃に出逢った思い出の女の子と再会するため、趣味も兼ねて御朱印巡りの縁結び祈願を行っていた。 　そんなある日、“どんな縁結びも必ず叶う”という幻の神社を発見し、そこで女神『サクラ』と出会う。この世界には本当に神様が存在していたのだった！ 　しかしサクラはある事情から縁結びの力を失っており、凪の縁結びが出来なかった。そこでかわりに全国の友神（ゆうじん）を紹介したいと言う。というのも、各地の神社で神様から直接いただくことが出来る特別な御朱印――“神朱印”を授かれば、凪はその後利益で必ず思い出の女の子と再会出来るらしいのだ。 　神様の善意の申し出を引き受けることにした凪は、その日からサクラと一緒に暮らしていくことに。しかしいきなり家にやってきたサクラをライバル視し始める月音。 　こうして三人はドタバタな生活を送りながら各地の神社を巡ることになるが、神様から“神朱印”を授かるのはなかなか大変なようで――!? 　これは、人と神様とが紡ぐ、現代ハートフル御朱印ラブコメディ！