2053年、病弱な人類は肉体にナノマシンなどを組み込み、機械化した『トランスロイド』が誕生した。 しかし、生粋の人間しか認めないナチュラリスト集団は地下組織『ヴァイル』を結成し、各地でテロ活動を引き起こす。 一方、イギリス政府は極秘裏に路地裏の孤児『ストリートイレギュラーズ』を引き取り、衰弱した彼ら彼女らを『トランスロイド』化改造して、『トランスロイド研究所』で各種研究に協力させた。 しかし、この情報は『ヴァイル』に把握されてしまい、『ヴァイル』の神と崇められた存在、アルバート・ラチェットらが研究所を襲撃し、重要機密を手当たり次第破壊を開始する。