世界が危機を迎えるとき、千年を超えるふたりの道行がふたたび交差する―― トートという謎の美女と出会い、一緒に暮らし始めた大野。彼の勤める零細企業は前年に起きたリーマンショックの影響により倒産した。彼の再就職活動は難航するが、トートが勝手に応募した新興トップＩＴ企業である夢雲に就職することに。 政府系の秘密公安組織で働く播木は〝彼ら〟と呼ばれる不可思議な能力を持つ人物らに関する調査を託される。夢雲の社長である小林と〝彼ら〟に関係があることを知り、播木は夢雲の成功が〝彼ら〟の力によるものとにらむ。夢雲はデータセンター機能を持つ新型船の建造を進めていた。その進水式に潜入した播木はマナという少女と出会う。播木はマナが〝彼ら〟の一員であることに気づく。