蜂蜜の一大産地として知られる山あいの集落、ルビテナ村。養蜂家の次男で十二歳のスカイは家族と幸せに暮らしていた。あるとき、凶暴な殺人蜂、ヤバネスズメバチの大群がおし寄せる。スカイは皆と神殿へ逃げのびるも、村は壊滅状態に。退役軍人のガルシアの指揮のもと、スカイは弓矢の修行に励み、一度は村の立て直しをはかるも、再び襲来を受ける。大切な兄を亡くしたスカイは、同じく家族を失った音楽家のロイ、時計技師のスカイとともに蜂の討伐を誓う。だが、死の直前に神官から手渡されたのは、蜂の卵が孵るまでの時間が逆算され、左回りで進んでいく特殊な懐中時計だった。人間か、蜂か。存亡をかけたカウントダウンが今、始まる。